Однако папа Римский Иннокентий III был не таким человеком, чтобы отступать от своего намерения, и наконец над Англией разразился интердикт. Во всей стране, за исключением немногих привилегированных орденов, прекратилось всякое богослужение, всякое совершение таинств, кроме крещения, замолкли церковные колокола, умершие оставались без погребения. Король отвечал на это конфискацией церковных земель, подчинением духовенства (вопреки его привилегиям) королевским судам, частым отсутствием наказания за наносимые церковникам обиды. «Отпустите его, — сказал Иоанн, когда однажды к нему привели уэльсца, обвиняемого в убийстве священника, — он убил моего врага».
Прошел год, прежде чем Иннокентий III сделал следующий шаг: он формально отлучил Иоанна от церкви, но и новая кара была встречена с таким же глумлением, как прежняя. Пятеро епископов бежали за море, повсюду распространялось тайное недовольство, но открыто никто не решался избегать отлученного короля. Архидьякон Норвича, отказавшийся служить, был задавлен до смерти свинцовым колпаком, и этого намека было достаточно, чтобы отбить охоту у прелатов и баронов следовать его примеру. Король оставался в одиночестве, бароны его чуждались, и церковь была против него, и тем не менее его власть казалась непоколебимой. С первых же дней своего царствования он оскорблял баронов: данное им при восшествии на престол обещание загладить несправедливости его брата осталось неисполненным, а когда просьба была повторена, то он ответил на нее захватом их замков и взятием баронских детей в заложники их верности.
Издержки его бесплодных военных попыток покрывались новыми тяжелыми налогами, а распри с церковью и боязнь восстания только усилили угнетение баронов. Он отправил в изгнание одного из самых могущественных своих маркграфов, де Браоза, а его жену и внуков, как говорили, заморил голодом в королевских тюрьмах. Баронам, еще остававшимся из страха при дворе отлученного от церкви короля, он наносил оскорбления хуже самой смерти: незаконные вымогательства, захват замков, явное предпочтение чужестранцев, — все это было пустяками в сравнении с покушениями на честь жен и дочерей баронов. Они все еще покорялись, и могущество короля проявилось в той быстроте, с какой он подавил восстание баронов в Ирландии и возмущения в Уэльсе.
Одно только средство оставалось в руках папы Иннокентия III: отлученный от церкви король переставал быть христианином и терял право на верность христианских подданных. Как духовный глава христианского мира папа Римский присваивал себе право лишать такого короля престола и передавать его другому, более достойному; и Иннокентий III наконец счел нужным воспользоваться этим правом. Он издал буллу о низложении Иоанна, объявил против него крестовый поход и поручил исполнение своего приговора Филиппу II Французскому. Иоанн и эту буллу встретил с прежним презрением: он позволил даже папскому легату, кардиналу Пандульфу, провозгласить его низложение в собственном присутствии в Нортгемптоне. Затем он собрал огромную армию на Бергемских холмах, а английский флот, переплыв пролив, захватил много французских кораблей, сжег Дьепп и тем самым устранил всякую опасность вторжения.
Не в одной только Англии проявлял Иоанн силу и активность. При всей своей низости он в высокой степени обладал политической ловкостью, присущей его дому, и выказал себя равным отцу в дипломатических уловках, которыми старался предотвратить опасность со стороны Франции. Баронов Пуату он уговорил напасть на Филиппа II с юга; на севере он купил за деньги помощь графа Фландрского. Германский король Оттон обязался привести немецкую конницу для поддержки вторжения во Францию. Среди таких дипломатических успехов Иоанн внезапно пошел на уступки.
Фактически отказаться от прежней линии поведения его заставило выявление внутренней опасности. Булла о низложении ободрила всех его врагов. Шотландский король вступил в отношения с папой Римским Иннокентием III; только что усмиренные уэльские князья снова подняли оружие. Иоанн перевешал их заложников и собрал войско для нового вторжения в Уэльс, но набранная им армия стала только новым источником опасностей. Не будучи в состоянии противиться открыто, бароны почти поголовно вступили в тайные заговоры; многие из них обещали помочь Филиппу II в случае его высадки.
Увидев себя окруженным тайными врагами, Иоанн спасся только поспешным роспуском войска и бегством в Ноттингемский замок. Ни наглая самоуверенность, ни дипломатическая ловкость не позволяли ему больше не видеть его полной изолированности. Находясь в состоянии войны с Римом, Францией, Шотландией, Ирландией и Уэльсом, враждуя с церковью, король вдруг понял, что ему изменяет единственная сила, еще остававшаяся в его распоряжении. С отличавшей его стремительностью он пошел на уступки. Прощением штрафов он попытался вернуть себе расположение народа. Он поспешно начал переговоры с папой Римским, согласился принять архиепископа и обещал возвратить отнятые у церкви деньги.
Бессовестная изворотливость короля особенно проявилась в его рвении немедленно привлечь на свою сторону Рим, обратить его духовное оружие против своих врагов, воспользоваться им для разрушения объединившегося против него союза. Его переменчивый характер имел в виду только непосредственные выгоды. 15 мая 1213 года он преклонил колени перед папским легатом Пандульфом, передал свое королевство папскому престолу, получив его назад уже в качестве податного лена, присягнул на верность и подданство папе как своему сюзерену.